真牡丹根系比較多，大多為肉質主根和側根。假牡丹則根系比較少，甚至是蘿卜根系。真牡丹枝干顏色比較深，假牡丹枝干顏色比較淺。假的牡丹花開出花朵沒有真的牡丹花那樣花色鮮艷美麗，香味濃郁。真牡丹花價格要比假牡丹貴很多。

一、根系不同

一般來說真牡丹根系比較多，大多為肉質主根和側根，初始根顏色為白色，之后變為黃色或褐色，肉質為白或紅色。若是假牡丹則根系比較少，一些甚至是蘿卜根系，且分布根系數量較少。

二、顏色不同

我們可以從顏色上區別出真假牡丹花，例如真牡丹枝干顏色比較深，分枝是從根部產生的，呈叢生狀。而假牡丹枝干顏色比較淺，且枝干是獨干，分枝是從主干上產生的。

三、花朵不同

可以通過看花來分辨出真假牡丹，但是養殖到開花就是辨別真假也來不及了，所以實用性不是那么大。假的牡丹花沒有真的牡丹花那樣花色鮮艷美麗，香味濃郁。

四、價格不同

在市場上真牡丹花價格是比較貴的，例如幼苗可以在幾十到幾百不同，每個品種價格都不同。而假牡丹花則價格相對比較低廉，僅僅只有幾塊或十幾塊。所以說一分價錢一分貨。