選用抗(耐)病品種：不同小麥品種抗莖基腐病的能力不同，根據土壤肥水條件、播期、茬口安排、管理水平等合理選擇，避免選用不抗倒春寒的半春性及春性品種。
小麥莖基腐病的防治方法
一、農業防治有以下幾點：
1、選用抗(耐)病品種：
不同小麥品種抗莖基腐病的能力不同，根據土壤肥水條件、播期、茬口安排、管理水平等合理選擇，避免選用不抗倒春寒的半春性及春性品種。
2、土壤深耕：
播種小麥前，將土壤深耕25-30cm，將表層病殘體翻入深層，減少病原菌數量，同時可疏松土壤，以提高抗病能力。
3、輪作倒茬：
合理的輪作倒茬可有效避免小麥莖基腐病的發生，一般可將小麥與豆類、棉花、油菜、蔬菜等雙子葉作物進行輪作、倒茬，2-3年進行1次即可。
4、控制播期與播量：
為了減少冬前小麥莖基腐病病原菌侵染的機會，種植半春性及春性的小麥品種可適當推遲播期。建立合理的群體進行壯苗培育，合理控制小麥播量也可以防治小麥莖基腐病。
5、合理施肥和澆水：
適時澆水與科學施肥也可以達到防治小麥莖基腐病的目的，能夠增強小麥植株的抗病能力。實行配方施肥，結合小麥種植區的地力水平，合理搭配化肥和有機肥，各元素要平衡，確保耕層內肥料均勻。還要進行合理的冬灌，并及時進行土壤水分的補充。
6、及時清除病株殘體：
夏收或秋收時，及時將患有小麥莖基腐病的植株帶出并進行集中銷毀，對于發病嚴重的麥田，秸稈不能直接還田，應進行過腹還田或堆漚還田，從而減少土壤中小麥莖基腐病病原菌的數量。
二、化學防治有以下幾點：
1、種子包衣或藥劑拌種：
每千克種子用27%咯菌腈·苯醚甲環唑·噻蟲嗪3ml作包衣，或每千克種子用31.9%戊唑醇·吡蟲啉3ml作包衣，可以顯著降低苗期莖基腐病發病率。
2、土壤處理：
對于小麥莖基腐病發病嚴重的麥田，結合耕翻整地用可用代森錳鋅、甲基托布津、三唑酮顆粒劑、高錳酸鉀或50%多菌靈可濕性粉劑處理土壤，以消滅土壤中的小麥莖基腐病病原菌。
3、施藥防治：
畝用18.7%丙環唑·嘧菌酯懸浮劑50-60ml，或24%噻呋酰胺懸浮劑20-25ml，或17%唑醚·氟環唑懸乳劑30-40ml兌水60-70L淋噴小麥莖基部，兼治小麥紋枯病等病害，發生嚴重地塊可間隔7-10天再噴一次。
