水培育苗盆的使用方法非常簡單，在挑選育苗盆時，就要選用穴盤深一點的，具有足夠空間的類型。經過消毒殺菌后再使用，以免造成病菌蟲害的污染。可在育苗盆中添加蛭石，在培養種球類型的植物時，種球上方的部位不可入水。

1、準備育苗盆

水培育苗盆內的穴盤如果很小，那么對于育苗環境內的濕度、養分、氧氣、酸堿度等變化就特別敏感。因此要使用穴坑稍微深一點的，這樣的育苗盆在進行水培育苗的過程中比較實用，而且操作起來更為安全方便。

2、消毒后使用

水培育苗盆之中的空間比較小，已經水培栽植過一季的育苗盆，就要經過清洗、消毒殺菌后再使用。建議用安全的季銨鹽類消毒劑清洗，漂白粉或者氯氣消毒殺菌會造成化學反應，形成有毒有害物質，對水培植物的健康造成負面影響。

3、育苗基質

一般會在水培育苗盤上鋪上經過2天暴曬過后的蛭石，將蛭石壓平后作為底部基質，搭建成一個類似5~10毫米的坑穴環境，再將苗株水培到其中，這樣苗株的發育能夠有定植能力，不會隨意傾倒完全沒入水中。

4、依情況而變

水培育苗盆常用于水培水仙花等有種球的植物品種，這些種球類植物在水培時，種球可以沒入水中，但種球上方的莖枝等，就要暴露在空氣中才行，不然植株呼吸作用下降，水培育苗盆的作用也起不到效果。