雞糞在分解過程中產生甲烷、氨氣等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更嚴重的是產生的乙烯氣體抑制根系生長，也是燒根的主要原因。連年使用雞糞，造成根系缺氧、長勢不旺、雞糞施入土壤中，在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。

 

由于雞糞pH值約在4左右，屬于極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給雞糞攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和浸染機會，在濕度和溫度一旦達到就會爆發病害。

 

使用發酵不徹底雞糞極易造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡；病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病成為使用雞糞最明顯的后遺癥，雞糞還是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。雞飼養過程中飼料中含有大量激素，防治病害也會使用抗生素，這些都會通過雞糞帶入土壤，從而影響農產品安全。

 

 

雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，污染地下水源和土壤，有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。